在有機蔬菜生産中，允許使用的肥料種類有：按有機農業生産标準要求，經高溫發酵無害化處理後的農家肥，如堆肥、廄肥、沼肥、作物稭稈、泥肥、餅肥等；生物菌肥，如腐殖酸類肥料、根瘤菌肥料、複合微生物肥料等；綠肥，如草木樨、紫雲英、紫花苜蓿等；草木灰等；腐熟的蘑菇培養廢料和蚯蚓培養基質；礦物質肥，包括鉀礦粉、磷礦粉、氯化鈣等物質。另外還包括通過瞭有機認證機構認證的有機專用肥和部分微生物肥料等。

       葉(yè)面施用的肥料有腐殖酸肥、微生物菌肥及其他生物葉(yè)面專(zhuān)用肥等。

       有機蔬菜生産(chǎn)中不允許使用化學合成的肥料；有機蔬菜種植應限制使用人糞(fèn)尿。